Ga Long Khánh là một đơn vị trực thuộc Xí nghiệp vận tải đường sắt Sài Gòn. Nhiệm vụ chủ yếu là đón tiễn, tổ chức tránh vượt các đoàn tàu khách, hàng trên tuyến đường sắt Thống nhất, góp phần đảm bảo an toàn và nâng cao năng lực chạy tàu trên tuyến; Tổ chức tác nghiệp đón tiễn hành khách ra vào ga, lên xuống tàu các đoàn tàu khách Thống nhất và địa phương. Năng lực xếp dỡ hàng hóa tại ga bình quân là 15 xe/ngày.